Após a extinção do Território em 1946, a área reservada para a colônia foi respeitada pelo Estado, permanecendo como estava antes. Da Colônia Nacional faziam parte duas cidades projetadas:
    Vila Brasil (atualmente Fátima do Sul); Vila Glória (atualmente Glória de Dourados).
Na Colônia foram fundadas as cidades de Deodápolis, Douradina e Jateí. A área da Colônia Agrícola de Dourados era de 409.000 hectares (com um excedente de 109.000 ha referente à área reservada pelo decreto que a criou) e possuía aproximadamente 10 mil famílias. A distribuição e titulação dos lotes foi feita de uma forma que evitasse que os mesmos fossem vendidos antes doze meses.
   A Colônia Agrícola Nacional de Dourados atraiu para a região muitas levas de imigrantes (japoneses principalmente) e brasileiros, que cultivavam café. Com a criação da Colônia Nacional vieram companhias de colonização privadas que acabaram adquirindo extensas áreas (florestas, governo ou particulares) e as loteavam e se inspiraram nos modelos de colonização paulista e paranaense.
    A Colônia Municipal de Dourados se originou de uma área de 50 mil hectares criada em 1923 no município de Ponta Porã. Em 1935, com a criação do município de Dourados integrou o mesmo. O regulamento da Colônia Nacional só foi estabelecido em 1946. Na área que originou a Colônia Municipal se originou a cidade de Itaporã.
Tanto a Colônia Federal quanto a Municipal estavam praticamente isoladas, pois quase não existiam estradas que ligassem ambas á ferrovia, que dificultava o escoamento da produção da região.
    Em 1954 a Colônia Agrícola Nacional de Dourados passa a se chamar Núcleo Colonial de Dourados com a criação do Instituto Nacional de Imigração e Colonização e o Núcleo Colonial de Dourados passa a ser administrado pelo INCRA, criado em 1970. Em 1973, o INCRA finaliza a criação para o estado do Projeto Fundiário do Sul de Mato Grosso.
     É implantado em 1976 na cidade o Projeto Fundiário de Dourados (que passa a administrar também o Núcleo Colonial). A iniciativa de colonização do INCRA originou as prósperas cidades de Fátima do Sul, Glória de Dourados e Jateí. Contribuiu também para o desenvolvimento de Dourados e transformando o estado em um dos maiores centros agropecuários do estado e do país.
    O INCRA abriu 1.200 Km de estradas (três delas transformadas em estradas estaduais), além de trazer a rede tronco de energia elétrica de Campo Grande para Dourados.
     A Colônia Nacional de Dourados (dentre as colônias criadas pelo Governo Getúlio Vargas), foi a que mais se desenvolveu e teve destaque. Atraiu muitos brasileiros (nordestinos em especial), que não tiveram êxito em outras colônias. Graças ás colônias agrícolas, Dourados teve seu desenvolvimento impulsionado, e transformou a cidade em um centro agrícola nacional.